1976. május 4-én jelent meg először, a Spanyol demokratikus átalakulás kezdeti szakaszában, 6 hónappal Franco halála után. Az első demokratikus elveket valló lap volt, ami új színt hozott az akkoriban megjelenő lapok közé. Alapítója José Ortega Spottorno a francia Le Monde-t vette követendő példának. Juan Luis Cebrian volt az első lapigazgató, egészen 1988-ig.
A lap nagy hírnévre tett szert, amikor az 1981-es puccskísérlet után egy különkiadást jelentetett meg, melyben a demokratikus alkotmány mellett tették le voksukat. A puccsisták ekkor már megszállták a parlamentet, és fogva tartották a képviselőház tagjait, a hadsereg tankjaival bevonultak Valenciába. Az El Pais is az utcára vonult különszámával tüntetni, felhívni a polgárok figyelmét, hogy a demokratikus értékekért álljanak ki. A lapnak csak úgy volt esélye a megmaradásra ha a puccs kudarcba fullad. Állítólag amikor Cebrian felhívta egy másik lap, a Diario 16 című újság szerkesztőjét egy közös kiadvány kidolgozására, az még inkább néhány órát kivárt, hogy kiderüljön melyik oldal mellett érdemes kiállni…
A lap értékét és eladhatóságát növelte az egyedüliként bevezetett belső minőségellenőrzési rendszer, valamint az újságírói normák szigorú betartatása. Bevezette az „olvasói ombudsman” intézményét, valamint kiadott egy stíluskönyvet, mindezt a számonkérhetőségért. A lap kinézetében szinte semmit sem változott alapításától kezdve egészen 2007 végéig: fekete-fehér képek, Times Roman betűtípus (amit 2007-ben a saját majerit betűtípus vált fel), 5 hasábos oldalak, világos tagoltság.
Több, szintén szociáldemokrata értékeket valló európai lappal kötöttek együttműködési megállapodást, valamint információs források közös hálózatát hozták létre az olasz La Republica, és a francia Le Monde lapokkal.
1990-ben Spanyolországban másodikként adott közzé interneten elérhető tartalmat.(El Pais digital)
2002-ben viszont az országban elsőként tette fizetőssé híreinek informatív tartalmát, ám ez drasztikusan lecsökkentette az oldal látogatottságát. Azóta a fizetős rendszert visszavonták, de előtte 4 hónapig állt az oldal technikai problémára hivatkozva. Manapság az oldal multimédiás részeihez általában a lap előfizetői férhetnek hozzá. Eredeti jelmondatukat (A reggel független napilapja) újra cserélték (A hírek összefoglalója spanyolul)
Székhelye és szerkesztősége Madridban található, de országszerte több kisebb iroda látja el a területi kiadások szerkesztését.(Barcelona, Sevilla, Valencia, Bilbao). Ma Spanyolország legnagyobb médiakonszernjének, a Grupo Prisa-nak a része.
wikipedia alapján
